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Text File  |  1995-03-04  |  1.5 KB  |  39 lines
  1. *************************
  2. * Histone H3 signatures *
  3. *************************
  4.  
  5. Histone H3  is  one  of  the  four histones, along with H2A, H2B and H4, which
  6. forms the  eukaryotic nucleosome core. It is a highly conserved protein of 135
  7. amino acid residues [1,2].
  8.  
  9. Caenorhabditis  elegans chromosome III encodes  two  highly  related  proteins
  10. - known as F54C8.2  and F58A4.3 - whose  C-terminal  section  is  evolutionary
  11. related to the last 100 residues of H3 [3].  The function of these proteins is
  12. not yet known.
  13.  
  14. In yeast chromosome XI, there is also a H3-like protein, YKL049c [4].
  15.  
  16. We developed  two signature patterns, The first one corresponds to a perfectly
  17. conserved heptapeptide in the N-terminal part of H3. The second one is derived
  18. from a conserved region in the central section of H3.
  19.  
  20. -Consensus pattern: K-A-P-R-K-Q-L
  21. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  22.  for the C.elegans and yeast H3-like proteins.
  23. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  24.  
  25. -Consensus pattern: P-F-x-R-L-V-[KRQ]-[DE]-[IV]
  26. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  27. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  28.  
  29. -Last update: June 1994 / Patterns and text revised.
  30.  
  31. [ 1] Wells D.E., Brown D.
  32.      Nucleic Acids Res. 19:2173-2188(1991).
  33. [ 2] Thatcher T.H., Gorovsky M.A.
  34.      Nucleic Acids Res. 22:174-179(1994).
  35. [ 3] Durbin R.
  36.      Submitted(1994).
  37. [ 4] Purnelle B., Tettelin H., van Dyck L., Skala J., Goffeau A.
  38.      Yeast 9:1379-1384(1993).
  39.